故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
不久的将来
舞春佑美（上田丽奈 配音）是刚刚升上了高中的可爱女生，虽然十分渴望着能够骑着自行车上下学，但实际上，佑美并不会骑自行车。秋月巴（广濑友纪 配音）是佑美青梅竹马的玩伴，为了帮助好友实现梦想，巴决定教会佑美骑自行车。在此过程中，佑美渐渐对单车运动产生了兴趣。森四季（渡部纱弓 配音）是佑美班上的教员，十分热爱自行车这项运动，在四季的引导之下，佑美进入了这个丰富而又多彩的新世界。体育细胞十分发达的比嘉夏海（藤原夏海 配音）、性格十分天真热爱摄影的千金大小姐神仓冬音（高森奈津美 配音），和志同道合的朋友们一起，佑美骑上了单车。
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土间埋（田中爱美 配音），校园中女神一般的存在，成绩优异体育万能，个性温柔正直善良，然而，只有她的哥哥太平（野岛健儿 配音）知道，众人眼中光芒万丈的小埋，在进入家门的那一刹那，就会瞬间变成披着仓鼠斗篷，满地打滚，除了吃就是睡和玩的超级干物女。海老名菜菜（影山灯 配音）是小埋的好友，两人住在同一间公寓中，常常和太平以及小埋一同吃饭。本场切绘（白石晴香 配音）在无意之中捡到了小埋的学生证，于是一路找到了小埋家。橘（古川由里奈 配音）将在学校中视小埋为最强劲的对手，却在没有认出小埋的情况下和她成为了好友。最终，这些女孩子们是否会发现小埋的真实身份呢？
对万物都充满了好奇心的箕作沙沙芽（高桥花林 配音）、对美食充满了热爱的西尾未来（冈咲美保 配音）、拥有超高智商的天才少女雪野日阳（大野柚布子 配音）、性格大大咧咧对什么都不怎么在意的具志坚修普（岛袋美由利 配音），这些女孩们隶属于一个名叫“音乐少女”的偶像团体之中。身为音乐少女的制作人，池桥大辉（平川大辅 配音）虽然每天都在非常认真的工作，但音乐少女的人气却始终低迷，公司持续赤子。最终，大辉做出了一个重要的决定，那就是吸纳新成员入团，就这样，试镜工作开始了，一位名叫山田木花子（深川芹亚 配音）的女孩也出现在了众人的视野之中。
